壹、定義不同
預算周轉金是指各級財政為平衡預算年度內季節性收支差額，保證及時用款而設置的周轉資金。而預算穩定調節基金指各級財政通過超收安排的具有儲備性質的基金。
二、目的不同
預算周轉金是指各級總預算為了保證預算收支的正常進行，避免收支在時間上脫節而設置的壹種供周轉使用的資金。而預算穩定調節基金為更加科學合理地編制預算，保持中央預算的穩定性，建立中央預算穩定調節基金，專門用於彌補短收年份預算執行收支缺口。
三、來源不同
預算周轉金既可從本級財政預算凈結余中設置和補充的也能由上級財政部門撥入的，而預算穩定調節基金是中央預算穩定調節基金單設科目，安排基金時在支出方反映，調入使用基金時在收入方反映，基金的安排使用納入預算管理，接受全國人大及其常委會的監督。
參考資料：
百度百科-預算周轉金