新世紀以來，體育教學部在體育科學研究上取得了顯著的成績，主持和參與教育部、國家體育總局、中國體育科學協會、福建省社會科學、廈門大學社會科學等多項基金項目30多項；在壹、二類核心刊物上發表學術論文3、4百篇，出版專著5部、專利1項、教材14部。獲教育部、體育科學大會、國家體育總局、福建社科聯、廈門社科聯等省、部級多項成果獎。同時，我們也加大了國際和區域學術交流活動，該部教師應邀前往美國、日本、菲律賓、泰國、臺灣、香港等國家和地區進行學術交流和訪問達20多人次，有近30個國家的學員在我部學習過武術、氣功、導引等民族傳統體育。這不僅促進了國際間的學術交流，也建立了各國、各地區之間的友誼。
體育教學部在重視公***體育課教學的同時，狠抓運動隊建設和群眾體育工作開展。現建有田徑、遊泳、籃球、足球和武術5個項目6支運動隊，加上啦啦操隊和舞龍舞獅隊***有8個運動隊常年堅持訓練，在全國、省市體育大賽中多項名列前茅。學校還有各種學生體育協會20多個，常年舉行各種活動和競賽，擴大了影響，也已取得了優異的成績。廈大男子籃球隊更被譽為中國大超聯賽的南區霸主，在2007—2008年度的中國大學生超級聯賽比賽中奮力拼搏，榮獲全國總決賽亞軍的輝煌成績。