中國宋慶齡基金會機關設有：辦公室、基金部、聯絡部、事業發展部、人事保衛部五個部門。直屬事業單位有：宋慶齡故居管理中心（中國宋慶齡基金會研究中心）、宋慶齡兒童科學技術館、中國宋慶齡基金會培訓交流中心、中國宋慶齡基金會事業發展中心、中國宋慶齡基金會機關服務中心。