規劃處：負責擬定國家哲學社會科學研究中長期規劃和年度計劃；調整增補學科規劃評審小組專家；擬定和發布國家社科基金年度項目課題指南；組織年度課題申報和評審立項；組織實施和管理國家社科基金重大項目（基礎研究類、跨學科類）和委托研究項目。
基金處：負責國家社科基金項目經費撥款；負責社科基金項目經費管理和監督；組織實施和管理國家社科基金重大項目（應用研究類）和西部項目。
成果處：負責國家社科基金項目中期管理和最終成果的鑒定驗收與結項；負責組織和編發《成果要報》；組織實施學術期刊資助和管理；組織社科基金項目成果評獎。
調研處：負責國內外社會科學研究及管理工作動態的調查研究；組織評審出版《國家哲學社會科學成果文庫》；組織國家社科基金後期資助項目和中華學術外譯項目評審。
宣傳處：負責國家社科基金和社科規劃管理工作的日常宣傳；負責主編“國家社科基金”專刊、專欄；負責管理全國社科規劃辦網站。
綜合處：全國社會科學規劃辦公室內設的綜合職能部門，主要負責日常文秘、行政管理、財務會計、會議組織、網絡服務、內外聯絡、後勤保障工作等。