1.確保糧食安全:耕地是糧食生產的基礎。沒有足夠的耕地，糧食生產就無法保證。從糧食安全的角度看，耕地保護審計可以確保耕地不被濫用或改作他用，從而保證糧食生產的穩定性和可持續性，維護國家糧食安全。
2.促進土地資源的合理配置:耕地保護審計可以評價土地資源的利用情況，發現土地資源的浪費，提出優化建議，使土地資源得到更加合理的配置和利用，提高土地利用效率。
3.促進農村經濟發展:通過耕地保護審計，了解農村經濟發展的實際情況，為制定農村經濟發展政策提供參考。同時，耕地保護審計還可以促進農民的參與意識和自我管理能力，促進農村經濟的可持續發展。