統籌基金主要用於支付住院醫療費用、門診規定病種醫療費用和重特大疾病門診病種醫療費用。個人賬戶主要用於支付普通門診醫療費用、購藥費用和住院醫療費用中由個人負擔的費用等，個人賬戶余額不足支付時，超出部分由個人承擔。統籌基金和個人賬戶分別核算，不得相互擠占挪用。
參保人員在定點醫藥機構使用個人賬戶支付的醫療費用以社會保障卡結算。社會保險經辦機構按照個人賬戶實際發生的醫療費用與定點醫藥機構結算。
參保人員在定點醫療機構住院發生的醫療費用，應當由個人負擔的部分，由本人與定點醫療機構結算；應由統籌基金支付的部分，記帳結算。社會保險經辦機構定期與定點醫藥機構結算醫療費用，預留壹定比例的質量保證金。質量保證金根據年度服務質量考核結果按照規定返還。
法律依據：《中華人民***和國社會保險法》第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。