2000年6月，陳慧琳身為“聯合國兒童基金中國大使”遠赴青海山區，探訪當地兒童。
2002年7月，成立其“陳慧琳兒童助學基金會”。迄今為止已在內地援建希望小學30所，並其基金會曾捐資予內地白內障兒童醫病 。
2004年，陳慧琳為印度洋海嘯災民捐款20萬港幣。
2005年9月，陳慧琳響應“大學生圓夢行動”為100名困難大學生捐助壹年學費44萬人民幣。
2007年5月，陳慧琳兒童助學基金資助項目小埡中心校校舍改造工程，總投資45.2萬元，改造面積1180平方米，香港陳慧琳兒童助學基金陳慧琳小姐為該工程捐贈15萬元。
2008年9月末，陳慧琳捐出逾壹千件漂亮衣服，為“陳慧琳兒童助學基金會”籌款。早前因四川地震令該區有不少學校變危樓，Kelly遂舉行“陳慧琳二手衫慈善義賣”，既環保又可做善事，壹舉兩得。在Kelly捐出的衣服中，包括出席傑青頒獎禮及參加北京奧運閉幕式演出的服裝。