壹是資金來源不同。全國社保基金由中央財政預算撥款、國有資本劃轉、基金投資收益和國務院批準的其他方式籌集的資金構成。社會保險基金是基本養老保險基金、基本醫療保險基金、工傷保險基金、失業保險基金和生育保險基金的統稱，主要依靠所在單位和個人的繳費形成。
二是性質和用途不同。全國社保基金屬於社會保障儲備基金，專門用於人口老齡化高峰時期的養老保險等社會保障支出的補充、調劑，而社會保險基金則主要用於個人養老、醫療、工傷、失業和生育保險待遇的當期發放。
三是運營管理方式不同。全國社保基金由全國社保基金會管理運營，可投資配置於經國務院批準的固定收益類、股票類和未上市股權類等資產，可以在中國境內市場和境外市場投資運營。而各種社會保險基金則由各地社會保險經辦機構管理，按社會保險險種分別建賬，通過預算實現收支平衡。目前，社會保險基金必須存入財政專戶，投資運營範圍和領域受到嚴格限制。