公司從工資裏扣福利基金是合法的嗎？

這種做法是違法的。

公司的福利基金應當從利潤中提取。

根據勞動部的規定，用人單位應當按照勞動合同的約定及時足額發放工資報酬，除了法律和行政法規規定可以扣發的情形外，任何其他原因扣發工資都屬於克扣的行為，是違法的。妳們可以向當地的勞動監察部門舉報。