水利系始終堅持研究型大學的辦學思路，積極開展高水平的科學研究工作。研究成果先後獲得國家自然科學獎3項、國家科技進步獎20余項，省部級科技成果壹等獎和二等獎***計近百項。有4篇博士論文被評為全國優秀博士論文。以河流研究所中青年教師為主體的研究團隊被國家自然科學基金委員會評選為優秀創新群體。水利系還特別註重緊密結合國家重大水利工程建設開展研究工作，自50年代受周恩來總理的委托主持設計當時華北地區最大的水利樞紐工程－密雲水庫以來，參與了包括世界最大規模的水利樞紐工程－三峽工程、世界最大規模的調水工程－南水北調工程等國內幾乎所有的重大水利水電工程的關鍵技術攻關。近十多年來，又根據新的社會發展時期中國水問題所面臨的重大需求，加強了對水災害、水資源、水環境、水生態和水管理的研究，取得了豐碩的研究成果。水利系還十分重視國際交流，與美國、加拿大、俄羅斯、英國、德國、挪威、瑞典、奧地利、澳大利亞、日本和韓國等國家的大學和科研機構保持著長期的合作與交流。