黑頸鶴是國家壹級保護動物，主要在青藏高原繁殖，雲貴高原過冬，是世界上15種鶴類中唯壹在高原上繁殖和越冬的鶴類，數量十分稀少。據雲南省林業廳負責濕地保護的專家介紹，2002年雲南省林業廳和國際鶴類基金會（ICF）合作開展的黑頸鶴同步調查顯示，2002年大山包保護區越冬黑頸鶴為930只，2003年同壹調查時間的調查數據為1043只，大山包已經成為中國黑頸鶴單位面積數量分布最多的保護區。由於每年沿固定的線路遷徙，為了保護黑頸鶴賴以生存的特定環境類型，以野生動物保護類型為主的大山包，同時還承擔著對黑頸鶴棲息地亞高山草甸和沼澤化草甸生態環境的保護，大山包自然保護區內豐富的地下水資源，還是金沙江（長江）多條支流的發源地。此前貴州威寧草海作為黑頸鶴的另壹棲息地已經建立了國家級自然保護區。《中國濕地保護行動計劃》已將大山包列入了重要濕地名錄中，國家林業局也將大山包列為了中國2004年申報國際重要濕地的重要保護區之壹。 黑頸鶴在雲南的越冬棲息的環境主要是濕地和濕地草甸，而濕地草甸在中國面積不多，自然保護區在有效保護黑頸鶴的同時，使雲南省的亞高山濕地草甸免遭破壞，而過去遭到破壞的濕地草甸通過人工恢復可逐步恢復和擴大濕地草甸，並對濕地恢復起積極作用。因此，黑頸鶴及其棲息濕地的有效保護，對亞高山濕地及生物多樣性的保護具有重要意義。