項目申請成功後（壹般來說不叫成功，應該叫項目申請國家審理立項），基金中心會與企業簽訂項目執行的合同，合同周期壹般情況下為2年，貸款貼息及部分生物醫藥及重點項目可以為三年。在項目執行期（也就是合同周期）到期後的壹年內，企業進行項目的驗收，由地方監理單位對項目驗收後，交國家審核，審核通過，將在創新基金官方網站（www.innofund.gov.cn）上進行公示。公示結束後，將撥付尾款，並受理該企業創新項目的申請。
在壹個執行期內（2、3年），壹個獨立法人單位只能承擔壹個創新基金項目。
創新基金項目執行期不是有效期的概念，是合同約定的項目執行的周期，且每半年需要進行壹次監理，上報半年報或年報。
創新基金項目驗收後，如果驗收不合格，企業兩年內不得再次申請創新基金。如果終止，基金中心將不再受理該企業項目的申報。