藥店員工騙取醫保基金的處理辦法如下:
1，依法追回被騙取的醫療保險統籌基金。
2、對定點醫院處以欺詐金額兩倍的罰款。
3、責令醫院進行書面檢查，按照醫保相關規定進行為期3個月的整改，並要求整改期間不得收治參保患者，整改期間未達到要求的，將按規定取消該醫院醫保定點醫療機構資格。
藥店是指藥品的零售點。中醫史上第壹家官辦藥房誕生於熙寧九年，經著名改革家王安石批準。