1、純債基金預期收益比較低：純債基金主要投資的是壹籃子債券，基金收益就由投資的債券決定，而債券的收益比較低，這就導致了純債基金預期收益比較低。
2、純債基金有壹定的風險：純債基金主要投資的是壹籃子債券，基金風險由投資的債券決定，而債券具有信用風險、利率風險和流動性風險，所以導致純債基金有壹定的投資風險。
3、純債基金品種比較少：當前市場上混合型基金、股票型基金、指數型基金比較多，而純債基金的種類比較少。
4、純債基金會損失時間成本：若投資者用相同的資金投資其他基金，比如混合型基金、股票型基金、指數型基金等，可能會獲得更高的收益。
5、純債基金手續費比較高：債券基金手續費包括申購費、贖回費和運作費（基金運作費每日在基金資產中計提，每月進行支付，不單獨向投資者收取）。基金申購費根據成交金額而不同，成交金額越大，收費標準越低，基金贖回費根據持有時間而不同，持有時間越長手續費越低，甚至為0。