吳階平醫學基金會旨在鼓勵醫生提高專業水平，促進醫學事業的發展，同時在壹定程度上改善研究經費不足的問題，使研究工作得以深入開展；加強對科研的支持，繼續擴大醫學領域的學術交流範圍，組織各學科的繼續教育和專科培訓，與藥品生產企業合作建立專項基金，開展各類治療臨床疾病藥物的示範和應用培訓；參與支持中醫藥的開發、研究和發展，為中醫藥事業做出貢獻。通過授予吳階平泌尿外科和醫學獎，吳階平醫學基金會與國內外成功的企業和個人合作，建立專項基金，獎勵為醫療衛生事業發展做出貢獻的組織和個人。
為推動我國醫學科學技術的發展與進步，獎勵為我國醫療衛生事業發展做出突出貢獻的醫學科技工作者，經衛生部、科技部批準，吳階平醫學基金會於2006年設立“吳階平醫學獎”。並聘請15名著名專家學者組成首屆吳階平醫學獎。評委會主席是九三學社中央主席、中國科學技術協會主席韓啟德。