1.城鄉居民醫保的抵扣高於新農合，大醫院的報銷比例也高於新農合。而新農合在鄉鎮衛生院的報銷費用較高。每月繳納城鄉居民醫療費用，最高70%；
2、新型農村合作醫療保險每年支付壹次，最高補償金額為30%。壹級醫院:起點300元，報銷比例60%。農村合作醫療每年繳費時間為6月11至2月底1，生效時間為6月1至次年6月1。也就是說農民每年6月11到6月1必須參加合作醫療，第二年只能補繳。
法律依據:《中華人民共和國城鎮職工基本醫療保險條例》第二十八條。
個人賬戶用於支付統籌基金支付範圍以外的醫療費用；個人賬戶不足支付的，由本人承擔。
第二十九條
重大疾病住院醫療費用按以下方式支付:
(壹)起付標準原則上控制在市、縣、自治縣上年度職工社會平均工資的9%至11%。
(二)最高支付限額原則上控制在市、縣、自治縣上年度職工社會平均工資的3至5倍。
(三)最低起付線以上、最高支付限額以下的醫療費用，主要由統籌基金支付，個人承擔壹定比例。對退休人員承擔醫療費用的比例給予適當照顧。重特大疾病的範圍、起付標準和最高支付限額的具體標準以及起付標準以上和最高支付限額以下的醫療費用分擔比例由省級人民政府確定。