基金支付的含義是統籌基金支付，即用統籌賬戶內的資金支付參保人的相關醫療費用。壹般來說，基本醫療保險統籌基金屬於全體參保人員，實行專戶儲存、專款專用，任何單位和個人不得挪用。主要可用於報銷參保人員因住院治療、非定點醫院急診搶救、異地轉診、異地轉院、異地安置、特殊疾病門診等按照有關政策規定發生的醫療保險中的醫療費用。但是統籌基金裏的錢不能用來支付參保人發生的自費醫療費用。但如果參保人個人賬戶裏有錢，還是可以用個人賬戶裏的錢直接支付自費醫療費用。
壹般來說，基本醫療保險的統籌基金主要包括統籌地區所有參保單位的繳費總額減去記入醫療保險個人賬戶的剩余部分，以及財政補貼、社會捐贈、銀行利息、滯納金等。