基金會計產生於18世紀的英國。隨後，美國從英國移植了政府預算制度和基金會計，並逐漸從政府會計延伸到政府舉辦的公共非營利組織，形成了較為完善的基金制度和基金會計。
基金會計定義為“政府會計(包括政府財政會計和政府行政會計)和公共非營利組織會計(國有事業單位會計)以基金為基礎，按照基金種類進行核算和報告的會計制度或模式”。
建立基金會計是政府和事業單位改革的需要。
隨著我國社會主義市場經濟的發展，出現了需要單獨核算的基金，在相應的法律法規中要求建立基金制度。《中國教育改革和發展綱要》提出，高校要“改革按學生人數分配經費的方式，逐步實行基金制”。
《中共中央關於科技體制改革的決定》也明確指出:“對基礎研究和部分應用科學研究工作，逐步試行科學基金制度，經費來源主要依靠國家撥款。”新《會計法》第十條第四點所指的“資本和資金的增減”，是指行政事業單位依據法律法規設立或者籌集的政府性基金、社會保險基金、教育基金等具有特定用途的資金。