1、南京大學青年項目：佛教與中國哲學1988-1989
2、國家八五社科基金項目：儒佛道三教關系史1990-1994
3、國家教委九五社科基金項目：中國思想家評傳叢書：《惠能評傳》1996-1998
4、國家教委專項基金項目：傳統文化的現代化與世界化1996-1999
5、國家九五社科基金項目：禪宗與全真道心性論之比較研究1997-2000
6、江蘇省九五社科基金項目：佛道哲學與傳統醫學1997-2000
7、教育部“跨世紀優秀人才培養”基金：佛學與儒道關系研究2000-2005
8、教育部十五社科基金項目：漢魏兩晉禪學研究2001-2005
9、南京大學創建世界高水平大學教材建設項目：儒佛道哲學名著選編2002-2005
10、國家十五社科基金重點委托項目子項目：《大藏經》續編（禪學、律學、唯識學）2002-2014
11、國家社科基金重大項目和教育部重大攻關項目子項目：《儒藏》編纂與研究（漢唐）2004-2013
12、美國國務院“富布賴特”（Fulbright）研究項目：中美宗教比較研究2004-2005
13、南京大學“985”二期建設項目子項目：“東方宗教與哲學”2005-2009
14、國家十壹五社科基金項目“儒佛道三教關系與中國宗教的發展及精神”，2007-2012
15、江蘇省教改課題重點項目“江蘇高校數字圖書館管理與運行機制研究”，2007-2010年
16、教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目“百年佛學研究精華集成”，2010-2015
17、南京大學“985”三期文科建設重點項目“百年佛學研究精華集成”，2010-2015