用人單位從員工工資中代扣員工應繳納的社保費用是合法的。有下列情形之壹的,用人單位可以扣繳勞動者工資:(1)用人單位代扣代繳的個人所得稅;(二)由用人單位代扣代繳、由勞動者承擔的社會保險費;(三)法院判決、裁定要求扣繳的贍養費、扶養費;(四)法律法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。