1.法人主體不同:公司型基金作為獨立的公司法人存在，而合夥制基金沒有獨立的公司法人，由合夥制基金指定至少壹名管理人承擔相應的法人主體職能。
2.稅收管理不同:公司型基金以有限責任公司的方式繳納企業所得稅、分配給投資者的預期收益和個人所得稅，而合夥制基金只在預期收益分配時繳納個人所得稅，因為不是獨立的法律主體。