農村醫療保險的報銷流程是：新型農村合作醫療參保患者須持本人醫療卡、本人有效身份證（無身份證的憑戶口簿），經確認身份後，在區內鄉鎮級普通門診定點醫療機構可直接刷卡報銷，在區內及區外市內定點醫療機構住院，出院結帳時直接刷卡報銷。
註意事項：材料應當齊備、合法、有效；必須前往有管轄權的機關辦理相關手續等。
法律客觀：《中華人民***和國社會保險法》
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
《中華人民***和國社會保險法》
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。