職工福利基金的來源包括：壹是按結余的壹定比例提取的職工福利基金；二是按人員定額從事業支出或經營支出中列支提取的工作人員福利費都在專用基金中核算。但兩者有差別：職工福利基金主要用於集體福利的開支，如用於集體福利設施的支出，對後勤服務部門的補助，對單位食堂的補助，以及單位職工公費醫療支出超支部分按規定由單位負擔的費用，按照國家規定可以由職工福利基金開支的其他支出。按規定標準提取的福利費主要用於職工個人方面的開支，用於單位職工基本福利支出，如職工生活困難補助等。在有些具體支出項目上，福利基金和福利費也可以合並使用。
按結余壹定比例計提的職工福利基金，其會計分錄為：借：結余分配
貸：專用基金——職工福利基金
按編制人數定額提取的工作人員福利費，其會計分錄為：
借：事業支出
貸：專用基金——職工福利基金
使用時，其會計分錄為：借：專用基金——職工福利基金貸：銀行存款或現金