1，醫療保險經辦機構根據參保職工醫療保險個人賬戶往年余額、當年收支及利息進行清算；
2.個人賬戶超支的，由個人壹次性補足；如有實際結余，應根據不同情況，按規定劃轉或支付。
醫療保險清算對象:
1，被保險人轉出本市城鎮社會保險範圍；
2.被保險人死亡；
3、外籍被保險人，或原中國籍被保險人喪失中華人民共和國國籍，在領取基本養老保險待遇前，自願終止社會保險關系的；
4.被保險人達到國家和省規定的退休年齡，不符合享受職工醫療保險退休待遇條件，或者在補足職工醫療保險繳費年限後享受職工醫療保險退休待遇，但本人自願放棄補足並申請終止職工醫療保險關系的。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構和藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
第七條
國務院社會保險行政部門負責全國的社會保險管理工作，國務院其他有關部門在各自的職責範圍內負責有關的社會保險工作。
縣級以上地方人民政府社會保險行政部門負責本行政區域內的社會保險管理工作，縣級以上地方人民政府其他有關部門在各自的職責範圍內負責相關的社會保險工作。