專款專用在賬務處理時需要用“專項應付款”科目。該科目核算企業取得政府作為企業所有者投入的具有專項或特定用途的款項。
政府補貼在賬務處理時需要用“營業外收入”科目。政府補助是指企業從政府無償取得貨幣性資產或非貨幣性資產，但不包括政府作為企業所有者投入的資本。
專款專用是專用基金管理的壹項原則。企業自身所形成的或主管部門撥入具有專門用途的資金，如企業留利基金，更新改造基金、大修理基金、福利基金、統籌退休基金都要按照專款專用的原則使用。專款專用的原則是：(1)要在銀行專戶儲存，先存後用，並接受銀行的監督。(2)要明確劃分各種專用基金的使用範圍和與業務經營資金的界限，不得相互挪用。(3) 專用基金工程所需要的專用材料、物資應單獨儲備，分別核算。(4) 專用基金的各種應收應付要分別記帳，及時結算。
參考資料：
百度百科-專款專用