黃金ETF的交易費用十分便宜，通常為0.3%~0.4%，比其它黃金投資渠道平均2%的費用優勢十分突出。黃金ETF的基金費用主要分為基金日常運營開支和基金管理費。以GLD為例，基金契約規定，支付給發起人的費用是用以補償其維護基金網站以及市場營銷開支。發起人的費用以調整後凈資產值為基礎，以年化0.15%為計費費率，每日計算每月累計並延後壹個月支付。托管人的費用以調整後凈資產值為基礎，以年化0.02%為費率，每日計算每月累計並延後壹個月支付。同時，每年最少收取費用為50萬美元，最多則不能超過200萬美元。支付給基金保管人的費用通過保留金條賬戶協議進行。根據該協議，保管人費用以存放在TAA和TAU 賬戶中的黃金日均余額為基礎，以0.10%的年化費率每日計算每季累計並延後支付。