按照事業單位會計制度，除了經營余額為負數不結轉外，如果經營余額無論是否虧損最終都結轉到“公募基金-普通基金”科目，那麽就會出現:如果經營入不敷出後壹直虧損，“公募基金-普通基金”科目就可能出現負數。即按照事業單位會計制度，公用經費可以為負數。
但在實際工作中，在填寫年度部門決算報表軟件時，如果公款填寫負數，則審核不通過。
最新的《醫院會計制度》規定，年末結余分配賬戶結轉後為借方余額的，由公用基金補足，不再進行其他分配；業務基金不足彌補的，為累計未彌補虧損。用公用經費彌補虧損時，借記“公用經費”科目，貸記“結余分配”科目。余額分配壹般年末應該沒有余額，如果年末有借方余額，就是累計未賠損失。
可見，新的事業單位會計制度已經明確，公用經費作為非限定性經費，不能為負。如有不可彌補的損失，將損失數記入“余額分配”科目，在資產負債表的“未彌補損失”項目中列示。
此外，經營結余虧損不結轉。