雖然利潤指標和科學上的凈現值沒什麽區別，但這種方法也有其固有的弊端。這主要表現在互斥項目的選擇上。如果兩個項目只能選擇壹個，根據凈現值法，應選擇凈現值較大的項目。但是，項目的利潤指標很可能會誤導決策。
這也屬於上面提到的CFP財政投資規模。與內部收益率壹樣，利潤指標作為相對數，忽略了互斥項目之間的規模差異，容易引導決策者選擇CFP財政投資規模較小的項目。
擴展數據
如果互斥項目的CFP財政投資規模相等，只要內部收益率較高，使用內部收益率指標是可行的。但是，當CFP金融投資規模不同時，由於內部收益率是壹個百分比收益衡量指標，會傾向於讓決策者選擇規模較小的CFP金融投資項目。
因為與大規模的CFP金融投資項目相比，小規模的CFP金融投資項目更有可能產生高比例的回報。在這種情況下，內部收益率法不能直接用於項目優化。