第十九條 資助項目公告後30日內，基金辦應當與主管單位、項目承擔機構（或聯合申報的主申報機構，下同）***同簽訂《國家出版基金資助項目協議書》，明確各方權利義務。逾期不簽訂協議，視為放棄項目資助。
第二十條 《國家出版基金資助項目協議書》簽訂後，基金辦應在15個工作日內下達首次撥款通知，並按照財政部國庫集中支付管理規定辦理撥款手續。項目承擔機構收到撥款後，應在20日內將收款回執送交基金辦和主管單位。
第二十壹條 當年批準並完成的資助項目，首次撥付資助總額的90%，余款待項目結項驗收後撥付。跨年度完成的資助項目，預留資助總額的10%，首次撥款不得高於資助總額40%，其余款項於每年年檢合格後，依據年檢年度工作完成情況和下壹年度工作計劃核定年度撥款金額，並在每年4月30日前下達撥款通知並辦理撥款手續。項目結項驗收後撥付預留款。
第二十二條 資助經費應當專項用於資助項目出版物的編輯、稿酬、版權費、校對、排印裝、復制、原輔材料及資料購置等直接成本費用支出。