二是管理主體，以前的合作醫療是集體組織和農民自己管理的。新型農村合作醫療制度由政府組織推進，強調公開透明和群眾監督。在政府的領導下，新農合的管理機構和工作制度更加完善，基金管理和使用更加規範，醫療費用報銷比例更加科學，參合農民就醫和醫療費用報銷更加方便，能夠充分發揮新農合基金的作用，更好地為參合農民提供醫療保障。
第三，在補償能力上，以前的合作醫療制度由於資金來源單壹，資金總量小，對農民大病的補償能力較低。新農合重在大病統籌，兼顧利益，重點解決參合農民患大病的醫療費用補償問題，最高可獲得3萬元補償，提高了解決大病治療的能力，能更好地解決農民因病致貧、返貧問題。
第四，在統籌範圍上，過去合作醫療是以村或鄉鎮為單位進行管理的。新農合由縣(市)統籌管理。新農合整體範圍的擴大，體現了“大數法則”，大大增強了保障和抗風險能力。