2014年當選為國際歐亞科學院院士。 2012年獲談家楨生命科學成就獎。 2008年獲得香港何梁何利基金獎。 2007年當選為中國科學院院士。 1996年獲得“小谷正雄”獎。
由於在基因組信息學領域卓有成效的工作,他曾應邀在日本築波召開的第十五屆國際科學技術數據委員會(CODATA)大會(1996年 9月29日-1996年10月3日)上應邀作“Kotani Memorial Lecture”,同時獲得“小谷正雄 ”獎 (“ Kotani Prize ”,生物領域 )。