1、主體不同：醫保局基金監管科的主體是勞動保障行政部門，稽查中心的主體是社會保險經辦機構。
2、工作規範不同：基金監管科的工作規範主要是依據《社會保險基金行政監督辦法》，稽查中心的工作規範主要是依據《稽核辦法》。