2022年起，國自然基金項目經費報銷試行線上審批，報賬人員在線上填報時需將相關原始票據上傳，填報完成提交後，按照審批權限，由項目負責人、財務人員、科技處負責人、分管科研副校長在線上審簽。線上審批流程完成後，報賬人員打印紙質報銷單並粘貼相應原始票據，經項目負責人簽字確認後在3個工作日內投遞報銷。
其他項目經費暫保持原線下審批模式，報賬人員在財務系統完成填制提交後，需制單人線上審核同意後，打印紙質報銷單，按照原線下模式逐級審簽後投遞報銷。2022年新系統對所有類別經費報銷均支持多個項目經費支出，例如：某老師報銷差旅費1000元，在填報時，可通過增加項目，從本人兩個及以上項目經費中分擔報銷。