房屋維修基金的單子丟失是可以申請補辦的，可以在辦理房產證前，先前往繳納維修基金的稅務窗口，開具已繳納維修基金的證明，稅務窗口蓋章。然後，窗口工作人員到局財務科進行辦理。補辦時間為20個工作日，由本人攜帶身份證領取補辦收據。
法律依據：
《住宅專項維修資金管理辦法》
第十四條 專戶管理銀行、代收住宅專項維修資金的售房單位應當出具由財政部或者省、自治區、直轄市人民政府財政部門統壹監制的住宅專項維修資金專用票據。
第三十四條 住宅專項維修資金專用票據的購領、使用、保存、核銷管理,應當按照財政部以及省、自治區、直轄市人民政府財政部門的有關規定執行,並接受財政部門的監督檢查。