只能扣除運費和建設資金。2.國家稅務總局發布的14號通知中提到，林冠鐵路和新線的運費中所列的京九拆分加價允許扣除，但該通知已在國稅發[2006]62號文件中公布，現已失效。3.鐵路運費包括:運費、貨運雜費、鐵路建設基金、新路價格分攤費、經電氣化鐵路區段電氣化附加費、經京廣鐵路京九分流費、南昌局管轄新建京九鐵路京九代收費、印花稅等。具體計算步驟如下:
1，按照鐵路運價規則計算運輸裏程；
2、根據貨物名稱確定相應的分類和貨運編號；
3、分別按整車、零擔、集裝箱類型、冷藏車類型對應的基價和營運基價；
4.發貨基價加運行基價乘以裏程，再乘以重量計算運費；
5.收取其他運費和雜費。