主動型基金包括股票型基金、混合型基金、債券型市場和債券型基金，依靠基金經理在合適的時機選擇股票(債券)來賺取預期收益。指數基金主要跟蹤指數表現，基金經理的作用不如主動型基金重要。
首先，該基金有不同的目標。
主動型基金追求的是跑贏大盤，跑贏業績比較基準，實現同類基金排名靠前。壹只優秀的主動型基金不僅在牛市中比其他基金賺得多，在熊市中跌得也少。
指數基金的目標是跟蹤指數，爭取同步，減少跟蹤誤差。指數基金賺錢，最重要的是選對指數，其次是選擇跟蹤誤差小、基金手續費低的指數基金。
第二，運作方式不同
主動型基金中，基金經理可以根據情況主動加倉，尤其是混合型基金最為靈活。而指數基金則不能動，只能跟指數同步。所以在牛市中，指數基金倉位高，漲幅最大；在熊市中，指數基金也因為倉位高而跌得最重。與指數基金相比，指數增強型基金給了基金經理壹定的操作空間，其靈活性優於指數基金。
第三，交易成本不同。
主動型基金管理難度更大，交易成本高於指數型基金。具體費用取決於基金本身和購買渠道。