基金追回的大致原則是，如果申請基金時依據的前期工作與被撤論文有關，那麽基金項目要撤銷，經費要追回。如果是在基金執行過程中發表的被撤論文，那麽要看發表時間，什麽時候出現問題就從什麽時候停止執行基金，追回論文。對於已經結題的項目，如果是2007年國家自然科學基金條例實行之後的，涉及到被撤銷論文，經費也必須追回。