嗜肺軍團菌是壹種兼性寄生的細菌，可侵襲阿米巴原蟲或人體巨噬細胞。在有抗體和血清補體的情況下，菌株的傳染性大大提高(但兩者不壹定都有)。細菌會因為吞噬作用被偽足包裹成巨噬細胞，然後細菌會被細胞產生的自噬包裹，自噬阻止溶酶體溶解。在這種保護下，細菌大量繁殖。該菌株使用IVB型分泌系統分泌壹種宿主入侵效應蛋白，命名為Dot/Icm(細胞器功能障礙/細胞內繁殖)。這些效應物可以增強宿主細胞中細菌的生存力。該菌株在培養液中會從ⅱ型分泌系統產生壹種大小約為39kDa的金屬蛋白，對某些組織培養細胞有毒性。ⅱ型分泌系統也是完全中毒所必需的。[1]
65438-0976，美國賓夕法尼亞州費城召開退伍軍人大會。200多名參與者患上肺炎，其中34人死亡。發現這次事件的罪魁禍首是嗜肺軍團菌，這是壹種當時尚未發現的細菌(因此得名軍團菌病)。這壹事件反映出嗜肺軍團菌不是小規模的人傳人感染。