20世紀80年代初，國家自然科學基金由89位中科院院士在給黨中央、國務院的壹封信中提出，目的是推動我國科技體制改革，改變科研經費分配方式。
隨後，在鄧小平同誌的親切關懷下，國務院於2月1986批準成立了中華人民共和國國家自然科學基金委員會。自然科學基金堅持支持基礎研究，逐步形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列組成的資助格局。
30年來，自然科學基金在推動我國自然科學基礎研究發展、促進基礎學科建設、發現和培養優秀科技人才等方面取得了巨大成就。
國家自然科學基金發展的重點和主要任務是:圍繞實施源頭創新戰略、科技人才戰略和創新環境戰略，培育創新理念，提升原始創新能力；堅持以人為本，完善科學基金人才培養資助體系。
加強條件支持，優化基礎研究發展環境；制定和實施學科發展戰略，促進學科均衡協調發展；瞄準重大科學前沿和國家重要戰略需求，應對未來挑戰，部署壹批基礎性、戰略性、前瞻性優先發展領域。