按照國務院辦公廳關於非稅收入征管職責劃轉的有關要求，大中型水庫移民後期扶持基金於2020年2月1日劃轉至稅務部門征收。為進壹步提高征繳效率，優化繳費服務，還權明責於繳費人，自2020年7月1日起，政府性基金實行屬地管理，由繳費人到當地主管稅務機關進行自主申報。
大中型水庫移民後期扶持基金，國家為扶持大中型水庫農村移民解決生產生活問題而設立的政府性基金。該項基金籌集渠道為對省級電網企業在本省（區、市）區域內扣除農業生產用電後的全部銷售電量加價征收。財政預算安排的大中型水庫移民後期扶持專項資金，包括用於銷售電量加價部分征收的增值稅安排的資金和用於解決中央直屬水庫移民遺留問題的定額補助資金，經營性大中型水庫應承擔的移民後期扶持基金。