FDIC的管理機構是五人組成的董事會，這五人全部由總統指定，並經過參議院確定，並且不得有超過三人來自於同壹個政黨。董事會每個月召開壹次會議。機構下設監管和消費者保護部、保險和研究部、破產管理部、信息技術部、財務部、行政管理部，以及企業風險管理辦公室、經濟情況辦公室、國際事務辦公室、法律事務辦公室、紀律檢查辦公室。FDIC以年度或季度為基礎公布預算、戰略計劃和金融報告。
四、FDIC的存款保險基金
2006年2月，根據《聯邦存款保險改革法案（2005）》，FDIC將原有的銀行保險基金（BIF）和儲蓄協會保險基金（SAIF）這兩只基金合並成壹只新的基金——存款保險基金（DIF），並從2006年3月31日開始生效。DIF用於償付倒閉機構中的被保險存款。截至2007年12月31日，DIF的總資產為530億美元。2007年全年，DIF的全面收益（comprehensive income）為22億美元。