組織性質不同：基金會是壹種公益性組織，其宗旨是為了公益事業的發展和社會福利的提高。而民辦非企業是指由自然人、法人或其他組織自願設立的非營利性組織。
資金來源不同：基金會的資金主要來自於捐贈、遺贈、基金會自身的財產等，不依賴於盈利活動。而民辦非企業的資金來源較為靈活，可以通過捐贈、會員費、服務收費等多種方式獲取。