南京大學環境工程專業是經1978批準成立的環境科學研究所和環境科學系。1993更名為環境科學與工程系，1999成立環境學院，設有獨立的環境工程系。目前招收本科生、碩士生、博士生，與環境科學壹起獲得全國首批環境科學與工程博士學位，擁有博士後流動站，與同濟大學共建“汙染控制與資源研究國家重點實驗室”。
環境工程專業擁有壹支年齡結構合理、活躍在學科前沿的教師隊伍，其中環境工程系國家級、省級突出貢獻專家1名，江蘇省333人才工程二級(國家級學科帶頭人)、三級培養對象1名，教授7名，博士生導師6名，副教授7名，高級工程師2名。
2000年環境工程系獲江蘇省和教育部科技進步二等獎，2001國家科技進步二等獎。還占據了科技部遴選的八大環保科技推廣項目之壹，獲得和申請國家專利近百項。
環境工程系現主持科技部“863”重大科技項目、國家自然科學基金、教育部科技攻關項目、各部門地方科研項目和壹大批汙染防治項目。科學和技術活動包括水汙染預防、固體廢物處理和處置、空氣汙染預防、清潔生產技術開發、環境材料和環境恢復。