1、基金委隸屬於中央政府直接領導下的行政事業單位，是負責自然科學基礎性研究項目的立項、資助和管理的機構。
2、科技部則是中央政府的直接部門，是中國科技創新的主管部門，負責制定和實施國家科技創新戰略和政策，推動科技創新和科技成果轉化。