壹基金是獨立的法人機構，嚴格按照國家法律及《章程》進行治理。理事會是最高決策機構，執行委員會行使常務決策權力，監事會緊緊圍繞“決策、執行、監督”三權分設的制衡機制，與理事會、執委會***同防範風險，促進穩健發展。
壹基金理事會由十壹人組成，分別為馮侖、李連傑、袁勇、馬化騰、馬蔚華、馬雲、牛根生、王石、楊鵬、周其仁、周惟彥（排名按漢語拼音次序）；
監事由四人組成，分別為劉東華、馬宏、宋立新、張敏；
周其仁擔任壹基金理事長和法人代表；
王石擔任執行理事長；
馬宏擔任監事長；
馬蔚華擔任預算委員會主席；
楊鵬擔任秘書長；
作為壹基金的創始人，李連傑先生繼續擔任理事。
第二屆理事長：馬蔚華；
第二屆理事：馮侖、李連傑、李勁、柳傳誌、馬化騰、馬蔚華、馬雲、牛根生、王石、周惟彥；
第二屆監事：杜鵬、淩沖、劉東華、馬宏、宋立新、張敏；
第二屆監事長：杜鵬；
第二屆秘書長：李勁。