1999入選中國人民和教育部首批骨幹教師項目承擔單位；同年入選上海市教委、上海市教育發展基金會第五屆曙光工程項目承擔單位。多年來，她積極參與上海教育發展基金會召集的相關工作。為表彰曙光學者對上海教育發展的貢獻，上海教育發展基金會於2002年向她和其他曙光學者頒發了榮譽證書。
在復旦大學任職期間，先後為復旦大學和上海財經大學本科生講授了普通生態學、人類生態學、應用生態學、中國珍稀水生動物學等4門課程，並計劃為東北地區高校講授跨校選修課中國珍稀動物學。同時還為生命科學學院研究生講授高等水生生物學、水生經濟動物育種、珍稀水生動物保護生物學等課程。
此外，王金秋博士還積極參加各種社會活動:他是國際輪蟲組織網絡的成員；多學科的社團成員；第五屆上海生態學會理事，第六屆上海生態學會常務理事、副秘書長等。