望京醫院在不斷提高醫療業務水平的基礎上，註重基礎理論研究和學術發展，擁有生物力學和中藥藥理（骨傷）兩個國家中醫藥管理局三級實驗室，設有生物力學研究室、中醫傳統手法研究室、頸椎病研究室、腰腿痛研究室等13個臨床和基礎研究室及中醫內科教研室、中醫兒科教研室、中醫外科、中醫眼科教研室等12個臨床教研室。歷年來，該院在科研工作上取得了顯著的成績：***獲得醫藥科技成果獎70項，其中國家科學技術二等獎1項，衛生部、國家中醫藥管理局科技進步獎、北京市科學技術獎、中華中醫藥學會科技成果獎壹等獎2項、二等獎9項、三等獎9項，中國中醫科學院科技進步獎49項。目前已結題國家自然科學基金4項，完成國家科委生命科學技術發展中心新藥的研究項目3項，首都醫學發展科研基金課題4項，國家中醫藥管理局科研課題4項，通過驗收。現在研國家自然科學基金課題8項，國家十五攻關項目2項，國家十壹五科技支撐計劃項目2項，國家中醫藥管理局科研基金及診療技術規範課題10項、首都醫學發展基金課題5項，北京市自然科學基金2項及多項院級課題。