負責醫保的直屬單位不壹樣:省醫保是針對省直單位職工的，市醫保是針對市直單位的醫保；承辦機構不同:省醫保需要到省養老統籌機構或省人才代理中心辦理相應業務；市級醫療保險需在市養老統籌機構或市人才代理中心辦理。報銷比例差異明顯:壹般來說，市級醫保的報銷比例高於省級醫保。以鄭州為例，鄭州市城鎮職工在職參保職工住院，統籌基金在壹、二、三級定點醫療機構的支付比例分別為95%、90%、85%，個人負擔比例分別為5%、10%、15%。壹、二、三級定點醫療機構退休參保人員住院統籌基金比例分別為97%、95%、93%，個人負擔比例分別為3%、5%、7%。省級醫保方面，在職和退休職工報銷比例分別調整為85%和90%。同時，醫院床位費報銷標準由11元提高到20元。定點醫療機構不壹樣:省醫保可以在任何醫院治療住院(參加醫保定點醫院)。市級醫保只能在市級醫院治療和住院(參加醫保定點醫院)。辦理地點不同:省醫保只能由保存在省人才代理中心、由省養老統籌管理的省直單位職工和檔案辦理。市級醫療保險只能由市級單位的職工和檔案在市人才代理中心保管，由市養老統籌機構辦理。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第二十九條，參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。