(1)辦公室
負責文電、會議、機要文件、檔案、辦公後勤等日常工作；起草綜合文件；承擔政府信息、宣傳、保密、信訪、安全、綜治等工作。
(2)政策法規科
擬訂全市對外貿易、對外經濟合作和內貿流通的地方性法規、規章和政策措施；研究商務領域發展趨勢，圍繞對外開放、區域和次區域合作、內貿流通等商務工作中的重點、熱點、難點問題提出政策建議；負責部門規範性文件的審查和備案；組織實施反傾銷、反補貼和保障措施以及與進出口公平貿易有關的工作；協助商業領域的反壟斷調查；組織產業損害調查和維護產業安全的相關工作；負責機關依法行政。
(三)市場秩序科
帶頭協調整頓和規範市場經濟秩序；推進商務領域信用體系建設，引導商業信用銷售，建立市場誠信服務平臺，推進商務綜合行政執法；負責研究制定我市藥品流通行業發展規劃和相關政策，並監督相關行業標準的實施；配合實施國家基本藥物制度，提高行業組織化和現代化水平，逐步建立藥品流通行業統計體系，推進行業信用體系建設，指導行業協會實施行業自律，開展行業培訓，加強國際合作與交流；參與組織打擊商業領域知識產權侵權和商業欺詐的專項整治工作；承擔畜禽屠宰行業管理工作；負責酒類流通管理。
(4)市場體系建設科(商務信息科)
組織起草市場體系建設的地方性法規和實施細則；促進流通標準化；牽頭組織和規範零售企業的促銷行為；指導大宗產品批發市場規劃建設、城市商業網點規劃、商業體系建設和內外貿壹體化的區域性商業物流基地建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；根據有關規定，對拍賣、典當、租賃、汽車流通、舊貨流通等行業進行監督管理；按規定對報廢汽車回收和老舊汽車更新進行監督管理。擬定南寧市商貿信息化發展規劃，運用電子商務開拓國內外市場並組織實施；在商務領域執行電子商務的相關標準和規則；建立和完善南寧商務信息服務體系；承擔電子政務和政府網站的管理工作；組織建設進出口預警、市場運行和商品供求監測系統。
(5)商業服務管理科
負責全市商業服務業(包括餐飲業和住宿業)的行業管理；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；指導流通企業體制改革和發展，提出促進商業企業發展的政策建議；指導社區商業發展、流通領域節能降耗和再生資源回收利用；負責全市商貿流通服務業的安全管理；制定並組織實施商貿流通服務業企業事故預防措施和安全檢查。
(六)市場運行監管科
監測分析市場運行、商品供求，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制的相關工作；負責重要消費品儲備(肉類和部分生活必需品等)的管理和市場調節。).
(7)後勤科
研究流通領域現代物流業發展方向，組織編制本市流通領域現代物流發展規劃並指導實施；制定本市流通領域現代物流業發展的政策、措施和標準並指導實施；指導和推動商貿物流企業兼並重組，引導商貿物流企業聯合發展；協調推進物流、倉儲、配送等重大項目建設。
(8)展覽部
組織編制全市會展業發展規劃，制定會展業發展的相關政策措施；負責全市會展業的規範化管理；負責全市會展的統籌規劃、協調管理、綜合評估和指導服務；負責會展專項資金的管理和使用；培育和發展會展市場，引進和培育會展品牌；指導各縣開展具有地方特色的節慶活動；指導會展業協會促進會展業健康發展。
(9)外貿科
擬定全市外貿發展戰略、計劃並組織實施；負責組織實施自治區下達的重要工業品、原材料和重要農產品(糧食、棉花除外)的進出口計劃；負責進出口商品配額和關稅配額的申報和實施；指導和協調進出口商品及兩用物項和技術的許可工作；指導和協調對外貿易促進體系建設；監測和分析外貿運行情況，研究外貿運行和結構調整中的重大問題，提出相關措施和建議；負責本市對外貿易經營者的登記備案；組織、管理和指導國內外相關商品交易會；指導和監督外貿企業的安全生產工作。
(10)加工貿易科(行政審批處)
組織實施與加工貿易有關的政策、法規和管理措施，制定加工貿易發展規劃和促進措施並指導實施；負責加工貿易企業經營狀況和生產能力的核查，依法辦理加工貿易批準證書；負責監督檢查加工貿易企業執行有關政策、法規和管理措施的情況；引導加工貿易梯度轉移和轉型升級；指導和監督加工貿易企業的安全生產工作；帶頭行政審批。
(十壹)機電和科技工業。
組織實施機電產品和高新技術產品進出口發展規劃和年度計劃；協助管理機電產品進出口和技術貿易；承擔機電產品和高新技術產品進出口及服務貿易促進工作；負責科技興貿項目的申報和實施。
(十二)對外經濟合作科
實施境外投資管理辦法；指導和協調對外承包工程、勞務合作、設計咨詢等。；貫徹中國公民境外就業管理政策，承擔境外勞動者和境外從業人員權益保護相關工作；指導和協調本市企業對外投資興辦企業(金融企業除外)；負責援外項目的檢查和援外項目的實施；指導和協調境外經貿合作區和農業技術示範中心的相關工作。
(13)港口規劃組
擬定南寧港發展規劃並協調組織實施；會同有關部門，監督檢查南寧口岸基礎設施建設、技術改造和配套工程同步建設情況；對南寧口岸的設立、撤銷、復開、復運提出意見；負責港口專項資金的管理和使用；負責港口作業和港口接待的統計。
(14)港口管理科
協調和組織口岸集疏運工作；監督口岸各單位執行和遵守國家涉外政策和紀律，會同有關部門調查口岸重大涉外問題和嚴重違法違規行為，提出處理建議；制定河港、空港、陸運口岸的管理辦法；負責南寧口岸“大通關”的組織協調工作；協調港口各單位之間的工作。
(十五)財務科
制定自治區和南寧市安排的內外貿發展專項資金的使用計劃，並進行監督管理；統籌管理各項業務的行政經費和專項經費；編制機關及其所屬單位的預算、決算；負責下屬單位負責人的資產管理、內部審計監督和經濟責任審計。
(十六)人事科
承擔機關及下屬單位的機構設置、人事管理、隊伍建設、教育培訓工作；指導計劃生育工作；負責機關及下屬單位的黨群工作。
退休人員工作科負責機關退休人員工作，指導下屬單位退休人員工作。
政府機關黨組織負責政府機關及下屬單位的黨群工作，具體工作由人事科承擔。
紀檢監察室負責機關和下屬單位的紀檢監察工作。