接著，明孝宗開始整頓官制，把所有靠行賄、拍馬屁發財的官員都換掉。改革從內閣開始，去掉了以外族齊萬安為首的“紙糊三閣老人”。萬安除了喊壹聲“萬歲”，無話可說。明孝宗罷黜他後不久，在萬安鬼混的尹稚把劉基甩在了身後。明孝宗看得出來，劉基不僅是個糊塗蟲，還是個導演。繼任內閣首輔的劉基，在弘治年間壹反常態。他不僅不時對國家大事建言獻策，而且對自己的工作也做出了極其負責任的貢獻。尤其是西北的哈密戰爭，正是在他的統籌下才得以圓滿解決。
明孝宗還罷黜了壹大批“傳道官”，許多明憲宗時期受寵的和尚道士也被趕走，少數罪大惡極的受到了法律的懲處。比如成化年間的和尚姬曉，因為明憲宗的寵信和惡行，在弘治元年被斬首。
弘治執政初期，給成化後期混亂的朝廷打了壹針興奮劑，讓明朝有了復興的希望。後來，朝臣李廣被免職。明孝宗對文官極為恭敬，尤其是對王澍等高官，以及謝遷、劉簡、李東陽等幾位內閣大臣。重用賢能在清洗很多壹直遊手好閑的大臣的同時，明孝宗大量使用正直有才能的人。成化年間，王澍、永利、馬文升等官員因直言不諱而被貶；徐普、劉堅、謝遷、李東陽等先賢。為在錢建殿，朝宮俱新，稱朝清之令。
明孝宗即位後立即召回王澍。王澍上任後，沒有辜負明孝宗的期望。在他的主持下，進行了壹次官員考察，考察標準極其嚴格:不僅要追查有經濟問題的人，就連不稱職的人也要免職。僅弘治元年(1488)，通過吏部考察，從中央到地方就有100多名官員被免職。蜀、也在軍隊中進行了整風。除了清除大量不合格的武館，還清理荒地，整頓地方裝備，明軍戰鬥力壹度刷新。
正是在王澍和馬文升的強力作用下，壹批基層的懶官被淘汰，許多有才能的好臣被提拔。
治水有功的劉大俠成為明孝宗身邊最信任的大臣。弘治十五年(1502)，劉大俠被拜為兵部尚書，接替原兵部尚書馬文升。從此，明孝宗幾乎事事都離不開劉大俠。這種過分的寵愛頗有爭議。壹些大臣不滿意劉大俠的獨家寵愛。私下裏他們說了些“聽漢奸之言，獨孤於亂”之類的話，也傳到了皇上的耳朵裏，只不過他更重視劉大俠而已。
劉大俠是壹個正直傳統的官員。他的重用當然是因為他處理事務的能力強，又有朝臣的推薦。當時他還挺有希望的。也正因為如此，劉大俠在弘治後期發揮了重大作用。劉大俠被認為是“弘治三傑”之壹。
雖然很多官員都直言進諫，但劉大俠對各種缺點說得更具體細致還是比較少見的。明孝宗不禁嘆道:“我在位久了，也不知道。我怎麽能稱得上大師！”此後，在朝鮮開展了壹場揭露弊端和慎重行事的運動。其結果不僅涉及反腐，還涉及削減官員級別和控制捐款的想法。
當時人們說:“尚有禮部長，沒有大道理不被侮辱。比如高級大臣劉大俠，欽差大臣戴珊，經常被叫到閣中來心平氣和地談壹談，真的像家人，像父親。所有的內閣大臣都被稱為先生。李有句詩:“近臣試膝，舊朝不呼其名。”蓋世錄也。“劉大俠、戴珊和內閣官員都是正直的人，明孝宗身邊也有不少正直的人，小人很難得逞。這也使得弘治後期的政治非常謹慎。
這年冬天，明孝宗采納了劉大俠的建議，將保定的壹萬名士兵調回原來的禁衛軍團，引起了私服得利的大臣們的不滿。於是有人造謠，貼在宮門，誣陷劉大俠。明孝宗很清楚這其中的原因，也知道大臣貪婪有害。劉大俠提到護衛太監，也讓他想到了皇宮的弊端。此後，明孝宗命兵部侍郎清理裁革中、禦史，省內光祿寺錢糧超過80萬。然而，大臣們從此對劉大俠懷恨在心，這為他在鄭德遭到迫害埋下了伏筆。限制宦官鑒於前朝宦官專制政治的教訓，明孝宗嚴格控制宦官，東昌和韋錦益不敢再獨斷專行，只能保住飯碗，所以韋錦益的幾任都督在處罰上普遍公正寬大。這是明朝中後期其他朝代少有的現象。
對於宦官的限制，劉大俠並不是唯壹壹個最嚴厲的。謝遷曾經說過，皇宮裏的太監們索賄。明孝宗下詔禁止契約時，謝遷說:“空言禁令無用。必須讓曹思找出不足，明白要開始玩了。然後李禁之，犯者必誅，庶人必滯留。”因此，政府內部的許多弊端都被消除了。所以，很少有人吃醋。劉大俠雖然不是內閣大臣，但明孝宗對他的信任不僅限於兵部，甚至還有密報。
弘治復興時期，留下了壹系列忠臣、直臣。如李東陽、謝遷等。對遏制明武宗前期劉瑾的亂政起到了壹定的作用。明代對官員的考核有兩種方式。壹個是京檢，每六年考核壹次北京各級官員。壹個是外部檢查，每三年壹次，評估全國各地的地方官員，這也成為壹個“大計劃”“宏圖”之初，由各省禦史掌管，後來禦史的權力大大增加，到了永樂年間，逐漸變成巡檢司和禦史共同負責考核。但是，根據建議巡視的畢竟是中央官員，巡視部門是地方官員。有的地方有勾結，按建議巡邏也捉襟見肘。弘治八年(1945)改變了這壹規則，由巡撫禦史和巡撫共同主持考核。過去，擁有地方司法權的審計部門完全靠邊站。
這樣加強了中央集權，防止地方官勾結謀取私利，也改變了“大計劃”的制度。首先巡視的內容由吏部判斷，然後可以讓科道官員彈劾。第二，考核不合格的官員可以寫壹份自我辯護聲明。這樣既保證了中央權威，又防止了冤假錯案，大大加強了對官員的管理審查。
明孝宗也有過類似於今天的“內退”的規定。任何提出退休的官員都沒有年齡限制，即使他提出在40歲退休，他也會被批準。提高辦公效率明孝宗在位期間，也大大加強了辦公效率。明孝宗規定，所有交由大臣討論的奏折和普通內容，重播不得超過兩天；涉及多個部門的，不能超過十天；如果涉及戰爭等重大事務，最多不能超過十五天。也就是說，在十五天內，壹張紙必須處理完畢。
這個規則定下後，明朝的行政效率大大提高，同時期的幾項重要經濟決策和改革都很快完成。明孝宗勤於政事。同時，他重開酒席，向大臣們請教治國之道。他還開設文華堂議政，利用早、午兩朝的空余時間與內閣議政。
弘治元年(1488)，采納大臣建議，舉行大小宴會，向大臣們請教治國之道。這個制度是正統初年制定的，每月二、十二、二十二日舉行大宴，主要是壹種禮儀。小井宴又稱日講，是君臣之間非正式、從容地回答問題，輔助政府的壹種重要方式。大小宴制度在明憲宗時曾壹度被廢棄。明朝孝宗皇帝開始堅持說日語。他不僅每天都來早朝，還在早朝外建立了壹個下午朝，每天兩次到早朝，與數百名官員壹起接受陳國的事務。以便大臣們有更多的機會協助皇帝處理政務。孝宗還開設了文華堂議政，其作用是在早、午兩朝的閑暇時間，與內閣討論治國之道，討論政事。
明孝宗皇帝每天早上看朝，遇雨避朝，還讓衙門裏的官奏從朗關到奉天門的事，可以說是天天不理朝。據說他有壹首詩，是他生病時經常背誦的:他知道自己的病，病了會自愈。心若有病，身亦有病，心有病而生。
由於明孝宗尋求治理的決心，朝廷各級官員紛紛發言，或抱怨時代弊端，或擴充策略。馬文升到政治官職時所做的十五件事，包括選拔人才、禁止貪汙、懲獄、節約開支、照顧士子、節約開支、照顧四代、改善軍事裝備等，都得到了明孝宗的極大賞識，並壹壹付諸實踐，對促進洪朝統治、消除弊端起到了積極的作用。明孝宗盡量節儉，減少宮廷的開支和祭祀。只有宮中的太監、宮女等人員比明憲宗時期減少了壹半以上。宮廷開支最節儉的時候，只有成化年間的60%。也停止了各種奢靡活動，不建大項目，提倡節約成本。各種私人采購也被停止，以減輕人民的負擔。他多次下詔，禁止宗室、勛戚侵占民地、殺戮百姓；還多次發函減免壹些地方的夏稅和秋稅。這些都非常有利於緩和社會矛盾和社會危機。正統、成化時期，農民起義不斷，幾次勢頭都相當強勁，但弘治幾乎沒有大規模的農民起義。
明孝宗在生活中也很註重節儉。弘治元年(1488)，朝鮮駐明朝使節曾對朝鮮國王說:“始皇帝(憲宗)還是出於個人原因用人，但今天皇帝(明孝宗)卻作出了鄧勇的義註。我不喜歡玩東西。雖然雪雪不廢朝會，朝廷大臣皆服喪，但用黃袍祭天，我在慰宴時不奏樂，不設雜耍，所以勸床上放花，不要簪。總的來說，始皇帝什麽都虐。”
明憲宗生前喜歡穿松江府制作的上等紅布衣服，每年還往那裏多送幾千匹馬。這種面料雖然名為布，其實是用細羊毛做的。明孝宗當時還是太子，內侍給他送的是新裁的衣服。他說:“用這種布縫的衣服，抵得上好幾件織錦鍛衣。穿了太浪費了。”謝謝妳而不是用它。當他成為皇帝時，他下令停止為皇宮織這種布。
明孝宗皇帝“勤儉節約，勤政愛民”，可能有褒義。但相對於前朝，弘治時期的政事確實是明明白白的。明孝宗非常重視司法，他下令天下各司重刑，慎審刑事案件。弘治十三年(1500)制定《討刑條例》。弘治十五年(1502)，編為《大明會典》。刪除了原《大明法》中的多項殘暴法令，主張寬以治國，減輕刑罰。他下令內外小心監禁，任命英明公正的執法官員。
《訊問與處罰條例》是在《大明法》中增加了270多條國家與現實不符的規定。作為《明法》的重要補充，法條並行已成為明清中國古代法律的重要特征。內閣劉基、徐普、劉堅、邱卓、李東陽、王澍、庚戌、塗淦、倪嶽、周鴻謨、韓文、周靜、鐘繇、葉啟立、傅漢、徐瓊、張生，兵部尚書、於子珺、馬文升、劉大俠。